Soká tartott, de 2006 augusztusára jóra fordult. Két sikertelen kísérlet után, hogy a holland válogatottat Münchenbe csalogassák, a harmadik nekifutásra sikerült őt végre szerződtetni. "Szerencsések vagyunk, hogy Markot minimum 3 évre az FC Bayernnél tudhatjuk" mondta Uli Hoeness, a Bayern menedzsere a középpályás bemutatkozásánál, akinek kulcsszerepet kell betöltenie a német rekordbajnok játékában. A középpálya közepén kell neki a szálakat szőnie és egyéniségével tartást adni a fiatal bajor csapatnak. "Ő meg tudja tartani a labdát, majd egy megfelelő passzal helyzetbe hozni a társát, gólerős és jól fejel", mondta Hoeness. De Van Bommel is boldog volt, hogy végül Münchenben kötött ki. Végülis gyerekkora óta az FC Bayern volt a kedvenc