Dos Santos képtelen volt igazán jó benyomást tenni a Bayern vezetőire, ezért már hosszú ideje kérdéses volt a jövője a klubnál.

A paraguayi játékos 2006-ban a Cerro Porteno csapatától igazolt a bajor óriáshoz, ahol arra számítottak, hogy képes lesz majd pótolni Michael Ballackot. Dos Santos mindössze 5 alkalommal lépett pályára a müncheni sztárklub színeiben.

A 24 éves középpályást később kölcsönadták a Wolfsburgnak, de ott egy barátságos meccsen eltört a lába, ezért vissza kellett mennie Münchenbe.

A játékost 2009-ig köti szerződés a Bayernhez.